La course commence par un prologue de 2,9 km, à Houilles. S'ensuivront plusieurs étapes plus ou moins plates mais piégeuses, avant deux étapes de moyenne montagne, entrecoupées d'une étape de montagne arrivant à la Montagne de Lure. Enfin, comme en 2012, un contre-la-montre en côte sur les pentes du Col d'Èze clôture l'édition 2013[3],[4].
Cette « Course au soleil » débute par un prologue de 2,9 km dans les rues de Houilles, dans les Yvelines, au parcours technique comportant 11 virages.
Le Français Geoffrey Soupe signe le meilleur temps, et reste en tête du classement provisoire jusqu'à l'arrivée de Wilco Kelderman, qui coupe la ligne avec moins d'une seconde de mieux. Puis ce sont successivement Sylvain Chavanel et Damien Gaudin qui améliorent la marque du Néerlandais. Lieuwe Westra, avant-dernier coureur à s'élancer et dauphin sur le dernier Paris-Nice, termine troisième de ce prologue, à moins d'une seconde du coureur de l'équipe Europcar.
Cette 1re étape est plate, mais propice aux bordures. Deux sprints intermédiaires jalonneront cette étape, aux kilomètres 115 et 162. Une côte de 4e catégorie sera également programmée : la côte de Buthiers (500 m à 4,3 %), dont le sommet est au km 119,5. L'arrivée est jugée à Nemours, après 195 km de course depuis Saint-Germain-en-Laye, à travers les Yvelines, l'Essonne, le Loiret et la Seine-et-Marne.
Damien Gaudin (Europcar) perd son maillot jaune en faveur du vainqueur de l'étape Nacer Bouhanni (FDJ), grâce aux 10 secondes de bonification et à quelques millièmes de seconde gagnés lors du prologue.
Cette étape est légèrement vallonnée. Le premier sprint intermédiaire est placé en début de course (km 15,5). Au km 176, les coureurs entreront sur le circuit final, puis disputeront au km 182,5 le deuxième sprint intermédiaire, lors d'un premier passage sur la ligne d'arrivée. Le dernier kilomètre est en faux plat montant, à Cérilly, après 200,5 km de course depuis Vimory, à travers le Loiret, le Cher et l'Allier.
Le début d'étape est légèrement vallonné, jusqu'à la zone de ravitaillement (km 80), en passant notamment par le premier sprint intermédiaire (km 34). Les coureurs enchaînent alors le col de Potey (3,3 km à 5 %) et la côte de la Forêt de la Comté (3,5 km à 3,8 %), dont les sommets sont aux km 85,5 et 95,5. Après ces 2 ascensions de 3e catégorie, le parcours est légèrement vallonné jusqu'à Jumeaux (km 125,5) puis est plat jusqu'au deuxième sprint intermédiaire (km 142,5), à Brioude. S'ensuivra une boucle de 28 km autour de la ville : juste après le sprint, la route emprunte une montée assez longue non-répertoriée, une brève descente puis la côte de Mauvagnat (2,7 km à 6,8 %), classée en 2e catégorie et dont le sommet est au km 155, avant une descente et un final plutôt plat. L'arrivée est jugée à Brioude, après 170,5 km de course depuis Châtel-Guyon, à travers le Puy-de-Dôme et la Haute-Loire.
Le début d'étape est en montée, avec notamment la côte de Lachaud (4,8 km à 5,6 %), classée en 2e catégorie. Après le sommet (km 11,5), le parcours empruntera la descente puis la côte de Condat (6,9 km à 4,4 %), classée en 2e catégorie et dont le sommet est au km 27,5. Il est ensuite plutôt vallonné pendant une quarantaine de kilomètres, en passant par le 1er sprint intermédiaire (km 58,5), avant de descendre jusqu'à la zone de ravitaillement (km 84). Les coureurs enchaîneront immédiatement avec la côte de la Chomasse (3,4 km à 5,4 %), classée en 3e catégorie. La route continue de monter jusqu'à Yssingeaux, au km 94, puis est légèrement vallonnée pendant 20 km, avec entre autres la côte de Laprat (2,1 km à 3,8 %), une ascension de 3e catégorie dont le sommet est placé au km 105,5. Après une assez longue montée non-répertoriée et une brève descente, une nouvelle côte de 3e catégorie est programmée, à savoir le col du Rouvey (2,8 km à 5,6 %), puis on aura droit à une très longue descente, pendant laquelle les coureurs disputeront le 2e sprint intermédiaire (km 157). Deux montées de 2e catégorie jalonneront le final : la côte de Talencieux (2,9 km à 8,1 %), dont le sommet est au km 176,5, et la côte de la Sizeranne (2,9 km à 6,6 %), dont le sommet est placé au km 191. L'arrivée est jugée à Saint-Vallier, après 199,5 km de course depuis Brioude, à travers la Haute-Loire, l'Ardèche et la Drôme.
Après un début d'étape plat puis en faux plat montant, une ascension de 2e catégorie est programmée, le col de Murs (10,3 km à 4,3 %), dont le sommet est au km 47. Après la descente, le parcours est légèrement vallonné pendant une vingtaine de kilomètres, en passant par le premier sprint intermédiaire (km 67), emprunte la côte d'Oppedette (7,1 km à 4 %), classée en 2e catégorie et dont le sommet est placé au km 85. La route ne passe pas par la descente mais est légèrement vallonnée pendant 35 km. Les coureurs enchaineront alors 2 montées de 3e catégorie, la côte de Saint-Martin-les-Eaux (2,7 km à 3,7 %) et le col de la Mort d'Imbert (4,5 km à 4,4 %), dont les sommets sont aux km 123 et 134,5. Après un peu de plat, ils grimperont jusqu'au deuxième sprint intermédiaire à Forcalquier (km 149) et prolongueront la montée avec la côte des Mourres (2,9 km à 4,9 %). S'ensuivront un peu de plat et une courte descente, puis l'ascension régulière de la Montagne de Lure (13,8 km à 6,6 %), classée en 1re catégorie, au sommet de laquelle sera jugée l'arrivée, après 176 km de course depuis Châteauneuf-du-Pape, à travers le Vaucluse et les Alpes-de-Haute-Provence.
Le début d'étape est en montée, avec la côte du Bois de Rousset (4,4 km à 4,5 %), classée en 3e catégorie. Après le sommet (km 6,5) et la descente, le parcours est assez vallonné. Sont notamment programmés le premier sprint intermédiaire et la côte des Tuilières (2,2 km à 7,8 %), classée en 2e catégorie, et la côte du Mont Méaulx (1,7 km à 4,3 %), classée en 3e catégorie. Les sommets de ces 2 ascensions sont aux km 87,5 et 103. Après le sommet au km 138 de la côte de Cabris (7,6 km à 5,8 %), classée en 1re catégorie, la route emprunte un peu de plat, le col du Ferrier (4,3 km à 6,8 %), classé en 1re catégorie et dont le sommet est placé au km 148,5, quelques kilomètres de plat et une très longue descente. S'ensuivra une montée jusqu'au deuxième sprint intermédiaire à Tourrettes-sur-Loup (km 185,5), puis un parcours légèrement vallonné, et enfin une descente et du plat jusqu'à la Promenade des Anglais, à Nice, où sera jugée l'arrivée, après 220 km de course depuis Manosque, à travers les Alpes-de-Haute-Provence, le Var et les Alpes-Maritimes.
Ce Paris-Nice se conclut par un contre-la-montre sur les pentes du col d'Èze (9,6 km à 4,7 %), classé en 1re catégorie. Un chrono intermédiaire est placé au km 5,5.
Le classement général, dont le leader porte le maillot jaune, s'établit en additionnant les temps réalisés à chaque étape, puis en ôtant d'éventuelles bonifications (10, 6 et 4 s à l'arrivée des 6 étapes en ligne et 3, 2 et 1 s à chaque sprint intermédiaire).
Le classement par points, dont le leader porte le maillot vert, est l'addition des points attribués à l'arrivée des étapes (25, 22, 20, 18 et 16 points, puis en ôtant 1 pt par place perdue jusqu'au 20e, qui reçoit donc 1 pt) et aux sprints intermédiaires (3, 2 et 1 points). En cas d'égalité de points, les critères de départage, dans l'ordre, sont : nombre de victoires d'étape, de sprints intermédiaires, classement général.
Le classement du meilleur grimpeur, dont le leader porte le maillot à pois, consiste en l'addition des points obtenus au sommet des ascensions de 1re (10, 8, 6, 4, 3, 2 et 1 pts), 2e (7, 5, 3, 2 et 1 pts) et 3e (4, 2 et 1 pts) catégorie. En cas d'égalité de points, les critères de départage, dans l'ordre, sont : nombre de premières places dans les ascensions de 1re, puis de 2e, enfin de 3e catégorie, classement général.
Le classement par équipes de l'étape est l'addition des trois meilleurs temps individuels de chaque équipe. En cas d'égalité, les critères de départage, dans l'ordre, sont : addition des places des 3 premiers coureurs des équipes concernées, place du meilleur coureur sur l'étape. Calculer le classement par équipes revient à additionner les classements par équipes de chaque étape. En cas d'égalité, les critères de départage, dans l'ordre, sont : nombre de premières places dans le classement par équipes du jour, nombre de deuxièmes places dans le classement par équipes du jour, etc., place au classement général du meilleur coureur des équipes concernées[12].